1. เพื่อถอนอมอาหาร (food preservation)
เนื่องจากวัตถุดิบทางการเกษตรที่นำมาแปรรูปอาหารมีวัตถุประสงค์เพื่อยืดอายุการเก็บรักษาอาหาร ถนอมรักษาคุณภาพอาหารด้านต่างๆ ของอาหารให้ใกล้เคียงของสดชะลอและป้องกันการเสื่อมเสีย (food spoilage) ของอาหารทั้งการเสื่อมเสียเนื่องจากจุลินทรีย์ (microbial spoilage) การเสื่อมเสียเนื่องจากปฏิกิริยาทางเคมีและการเสื่อมเสียทางกายภาพ เพื่อให้มีอาหารบริโภคตลอดทั้งปีและสามารถจำหน่ายได้ในวงกว้างขึ้น
2. เพื่อให้อาหารมีความปลอดภัยต่อการบริโภค
เพราะกระบวนการต่างๆ ที่ใช้เพื่อการแปรรูปอาหารตั้งแต่การเตรียมวัตถุดิบ เช่น การล้างทำความสะอาดการคัดคุณภาพเป็นต้น ไปจนถึงวิธีการถนอมอาหาร เช่น การแปรรูปอาหารด้วยความร้อน การแช่เยือกแข็งอาหาร การทำแห้ง เป็นต้น มีเป้าหมายเพื่อให้อาหารปลิดภัย ลดความเสี่ยงจากอันตรายในอาหาร (food hazard) ได้แก่ อันตรายจากจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค (pathogen) สารเคมีที่อาจปนเปื้อนมากับอาหาร กำจัดสารพิษต่างๆ ที่มีอยู่ในอาหารตามธรรมชาติ ทำให้อาหารมีคุณภาพสอดคล้องกับมาตรฐานด้านความปลอดภัย (food safety) ในระดับชาติและระดับสากล เช่น มาตรฐาน GMP, HACCP, BRC เป็นต้น
3. เพิ่มมูลค่าให้กับอาหาร (value added)
ทำให้ผู้ประกอบการได้รับผลกำไร การเพิ่มมูลค่าอาหารอาจทำได้หลายมิติ เช่น ในด้านผลิตอาจพิจารณาเรื่องการใช้ประโยชน์จากวัตถุดิบอย่างคุ้มค่า ลดการสูญเสีย เพิ่มประสิทธิภาพการผลิตด้วยการใช้เครื่องจักรและอุปกรณ์แปรรูปอาหาร ในด้านการตลาดการเลือกใช้บรรจุภัณฑ์อาหารที่ดึงดูดความสนใจ หรือ การพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหารใหม่ๆ ให้มีความแตกต่าง สำหรับผู้บริโภคเฉพาะกลุ่มมีคุณค่าทางโภชนาการสูงขึ้นเป็นต้น
4. เพื่อเพิ่มความหลากหลายให้กับผลิตภัณฑ์อาหาร
ทำให้สามารถตอบสนองต่อความต้องการของผู้บริโภคได้อย่างกว้างขวาง และตอบสนองผู้บริโภคกลุ่มที่มีความต้องการพิเศษ เข่น อาหารสำหรับเด็ก อาหารสำหรับผู้สูงอายุ อาหารสำหรับผู้รักสุขภาพ อาหารสำหรับนักกีฬา อาหารสำหรับผู้ป่วยเฉพาะโรค เป็นต้น
5. เพื่อสะดวกแก่การบริโภค
ผลิตภัณฑ์อาหารสำเร็จรูปทำให้ผู้บริโภค ง่าย สะดวก รวดเร็ว ในสภาวะเวลาที่เร่งรีบ ลดเวลาในการเตรียมอาหาร และการนำไปแปรรูปต่อ
6 เพื่อสะดวกในการขนส่งและง่ายในเก็บรักษา
เช่น เครื่องดื่มผงมีน้ำหนักเบา อาหารพร้อมทาน (ready to eat) ขนส่งสะดวกและเก็บรักษาได้นานที่อุณหภูมิห้อง เป็นต้น