ต้นกล้าที่ใช้กับเครื่องดำนาส่วนใหญ่จะใช้เพาะในถาดเพาะกล้า ที่มีขนาด 30x60x3.5 เซนติเมตร จะเป็นถาดเพาะขนาดมาตรฐานใช้ได้กับรถดำนาทุกรุ่นทุกประเภท เมื่อหลังเพาะกล้าทำการบ่ม 1 วันแล้ว ต้องทำการขนย้ายออกไปอนุบาลภายนอก ถ้ามากกว่าอาจทำให้เกิดความเสียหาย โดยกล้าข้าวงอกมากเกินไป จะงอเมื่อนำไปจะทำให้ปักดำยากขึ้น การเตรียมพื้นที่ จำเป็นต้องเตรียมเพื่ออนุบาลกล้าข้าว พร้อมทั้งต้องมีความชื้นโดยระบบการให้น้ำที่เหมาะสมกับการเจริญเติบโตของต้นกล้า
อายุกล้า จะอยู่ที่ประมาณ 15-20 วัน ความยาวกล้าที่เหมาะสมอยู่ระหว่าง 12-20ซม. ต้องจัดเตรียมพื้นที่ที่มากเพียงพอในการจัดเรียง ในการเตรียมพื้นที่จัดทำเป็นแปลงยกร่อง ความกว้างของแปรง 5เมตร ร่องกว้าง 50 ซม. จะมีพื้นที่วางถาดเพาะกล้าเฉลี่ยแปลงละ 1,200 ถาด จัดเตรียมไว้สำหรับอนุบาลกล้าข้าว 10แปลง จะสามารถวางถาดเพาะกล้าได้ 12,000ถาด ในแต่ละแปลงก็จัดเตรียมป้ายแปลงที่สามารถบอกรายละเอียดของกล้าข้าว เช่น พันธุ์ข้าว วันที่เริ่มเพาะ ปริมาณมาณการเพาะกล้า เพื่อจะได้จัดการได้ง่ายขึ้น
